Manner-Suomen maaseudun kehittämisohjelman toimenpiteitä - eri yhteisöjen toteuttamia kehittämishankkeita sekä yritysten ja maatilojen toteuttamia investointeja - rahoittavat toteuttajien lisäksi EU:n maaseuturahasto ja valtio. Myös kunta voi olla toimenpiteen rahoittajana Leader-toimintaryhmän kautta. EU:n ja kansallisen rahoituksen valvontaan liittyy erilaisia sääntöjä ja määräyksiä.

Sekä ELY-keskus että Maaseutuvirasto tekevät maaseudun kehittämistukien tarkastuksia. ELY-keskus tekee hallinnollisen tarkastuksen tuki- ja maksuhakemuksille. Hallinnollisessa tarkastuksessa varmistetaan, että edellytykset tuen myöntämiselle ja maksamiselle toteutuvat.

Maaseutuvirasto puolestaan varmistaa otantatarkastuksin, että toimenpiteitä on toteutettu tukipäätöksen ja säädösten mukaisesti. Mavi ja maatalouden investointien osalta ELY-keskus tekevät tarkastuksen vähintään 5 %:lle toimenpiteistä. EU:n ohjelmakaudella 2007–2013 otantatarkastus tehdään ennen tuen maksamista.

Erilaisilla tarkastuksilla varmistetaan, että tuet käytetään sovitulla tavalla sovittuun kohteeseen. Otantatarkastuksilla kerätään lisäksi tietoa tukijärjestelmien ja säädösten parannustarpeista. EU:n komissio seuraa jäsenvaltioiden tarkastuksia tilastojen avulla sekä tekemällä omia tarkastuksiaan jäsenmaihin.