Jos varat eivät riitä kaikkien perusehdot täyttävien hakemusten rahoittamiseen, etusijajärjestykseen asettaminen tehdään laissa ja valtioneuvoston asetuksessa etukäteen määriteltyjen kriteerien perusteella.
Mahdollisessa valinnassa tulee tärkeä merkitys olemaan elinkeinosuunnitelmalla.
Tuettavia toimenpiteitä valittaessa voidaan ottaa huomioon seuraavat seikat:
- tuen kohteena olevan yritystoiminnan taloudellisiin edellytyksiin vaikuttavat tekijät
- toimenpiteen vaikutukset tuen kohteena olevan yritys toiminnan talouteen
- toimenpiteen vaikutukset tuen kohteena olevan maatilan tuotanto-olosuhteisiin työympäristön, luonnonvarojen kestävän käytön tai eläinten hyvinvoinnin kannalta
- rakennus- ja konekanta, tilusrakenne ja peltojen kasvukunto.