Kuntien maaseutuelinkeinoviranomaiset käsittelevät viljelijätukien hakemukset ja tekevät päätökset sekä neuvovat hakijoita tuen haussa.
Vuoteen 2013 mennessä kuntien maaseutuhallinto uudistuu. Uudistuksen tärkein syy on, ettei hallinto nykyisellään täytä EU:n maksajavirastovaatimuksia.
Uudistuksen myötä maaseutuhallinto kootaan alueiksi, joilla toimii vähintään 800 tukihakemuksen tehnyttä maatalousyrittäjää. Maaseutuhallinnon tehtäviä tekee yhteisen johdon alaisuudessa vähintään viisi viranhaltijaa tai toimihenkilöä, joista yksi päätoimisesti hoitaa maaseutuhallinnon tehtäviä ja johtaa yksikköä.
ELY-keskuksiin on perustettu kuntia varten tukihenkilöverkosto. Verkoston yhteyshenkilöidena tehtävänä on vastata esimerkiksi yhteistoiminta-alueiden muodostamisessa esiin nousseisiin kysymyksiin. ELY-keskusten yhteyshenkilöt löydät oheisesta taulukosta.