Maaseutuvirastossa on viisi osastoa ja osastojen ulkopuolisia yksikköjä kaksi sekä esikunta.

Maaseutuelinkeino-osasto tukee ja ohjeistaa elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksia ja kuntien maaseutuelinkeinoviranomaisia viljelijätukien ja maaseudun rahoitustukien myöntämisessä.

Markkinatukiosasto maksaa vienti- ja sisämarkkinatuet sekä hallinnoi interventiovarastointia.

Valvontaosasto huolehtii tukien valvonnasta.

Varainhoito-osasto maksaa viljelijätuet ja maaseudun rahoitus- ja kehittämistuet.

Tietohallinto-osaston vastuulla ovat viraston tietojärjestelmät.

Hallintopalvelut vastaavat viraston hallinnon menettelyistä, sisäisistä ja ulkoisista palveluista.

Sisäinen tarkastus vastaa Maaseutuviraston ja maksajaviraston sekä niiden vastuulla olevan muun toiminnan sisäisestä tarkastuksesta.

Esikunta vastaa ylijohtajan apuna toiminnan ja talouden suunnittelusta, seurannasta ja raportoinnista. Lisäksi esikunnan tehtäviin kuuluu organisaatiota koskeva viestintä ja viestinnän yhteensovittaminen.