Maaseutuvirastolle vuosi 2008 oli ensimmäinen kokonainen toimintavuosi. Vuosikertomuksen mukaan toiminnan nettomenot olivat noin 16,1 miljoonaa euroa. Henkilöstömäärä vuoden lopussa oli 220 henkilöä.

Viljelijätukien haku ja valvonnat ja niihin liittyvät koulutukset sekä tukien maksatukset toteutuivat ilmoitetussa aikataulussa. Tukeen oikeutetuista viljelijöistä yli 99 prosentille tilatuet maksettiin heti, kun se oli EU-säädösten mukaan mahdollista. Kaikkiaan Maaseutuvirasto maksoi yli kaksi miljardia euroa kansallisia ja Euroopan unionin rahoittamia tukia.

Maaseudun kehittämisohjelman yritystukien myöntö ja maksatus alkoivat keväällä erityismenettelyllä. Yritystukien ja kehittämishankkeiden käsittelyyn käytettävän hanketietojärjestelmän valmistuminen siirtyi loppuvuoteen. Maaseudun hanke-, yritys- ja rakennetukia maksettiin yhteensä 55,9 miljoonaa euroa.

Investointitukien ensimmäinen uuden ohjelmakauden haku toteutettiin syksyllä. Hakemuksia jätettiin noin 1500.

Viraston alueellistaminen eteni suunnitelmien mukaisesti. Vuoden lopussa Seinäjoella työskenteli 27 henkilöä. Alueellistamisen takia Mavin henkilöstön vaihtuvuus oli suurta.

Maaseutuvirasto osallistui tiiviisti hallinnon uudistushankkeisiin yhdessä yhteistyökumppaniensa kanssa. TE-keskusuudistus, aluehallintouudistus ja työskentely kuntien viljelijätukihallinnon kehittämisvaihtoehtoja selvittäneessä työryhmässä olivat keskeisiä uudistushankkeita.