Maaseutuvirasto toimii maa- ja metsätalousministeriön hallinnonalalla ja tulosohjauksessa. ELY-keskukset ja kuntien maaseutuviranomaiset ovat tärkeitä kumppaneita, koska ne hoitavat asiakkaiden käytännön neuvonnan ja viljelijät asioivat tukiasioissa ELY-keskusten ja kuntien maaseutuviranomaisten kanssa.

Yhteistyö on tiivistä Ahvenanmaan maakuntahallinnon, maaseutuohjelman toteutuksesta vastaavien toimintaryhmien, Elintarviketurvallisuusviraston Eviran, Tullin, Maatalousyrittäjien eläkelaitoksen Melan, ministeriöiden ja muiden maksajavirastojen sekä Euroopan komission kanssa. Yhteistyökumppaneihin kuuluvat myös tuottajajärjestöt, rahalaitokset ja interventiovarastoinnin palveluja tarjoavat yritykset.

Viraston asiakkaita ovat myös elintarviketeollisuus sekä elintarvikkeiden kauppaa harjoittavat yritykset. Koulumaitotuki, EU:n yhteisrahoitteiset tiedotus- ja menekinedistämisohjelmat sekä EU:n ruoka-apuohjelmat tuovat viraston asiakkaiksi koulut, kunnat, seurakunnat ja järjestöt.