Eläintukiin kohdistuvilla tarkastuksilla varmistetaan paitsi eläimen pitäjän oikeus tukiin myös elintarviketuotantoon liittyvien edellytysten toteutuminen.

Tarkastettavia eläintukia ovat EU:n eläinpalkkiot, kansalliset kotieläintuet ja eläinten hyvinvoinnin tuki. Näihin liittyvissä tilatarkastuksissa valvotaan eläinten merkitsemistä ja rekisteröintiä, asiakirjojen ajantasaisuutta, eläinten tukikelpoisuutta ja muiden tuen ehtojen noudattamista. Maidon ja teurastamoiden tarkastuksissa valvotaan myös tuotantolaitoksia.

Hallinnollisesti tehdyssä ristiintarkastuksessa verrataan eri lähteissä ja rekistereissä olevia tietoja keskenään. Ristiintarkastuksessa voidaan verrata esimerkiksi viljelijän ilmoittamia hakemustietoja ja nautarekisterin tietoja tai muiden hakemusten tietoja. Näin pyritään varmistamaan, että hakemustiedot on ilmoitettu oikein, palkkioeläimet on rekisteröity asianmukaisesti eikä samalle eläimelle ole haettu tukea useammin kuin säännöt sallivat.

EU:n nautapalkkiota ja kansallista nautatukea hakeneista tiloista tarkastetaan tilakäynneillä vähintään viisi prosenttia.

Nautojen, sikojen, lampaiden ja vuohien merkitsemis- ja rekisteröintivaatimukset ovat olleet osa täydentäviä ehtoja, vuodesta 2005 ja siten useiden tukien saannin edellytys. Alun pitäen merkitsemis- ja rekisteröintijärjestelmät on rakennettu vakavien eläintautien torjuntatyötä varten. Siksi merkitsemis- ja rekisteröintivelvollisuus koskee myös sellaisia tiloja ja eläintenpitäjiä, jotka eivät hae mitään eläintukia, mutta pitävät yhtäkin yllämainittuihin eläinlajeihin kuuluvaa eläintä.

Tukien saaminen edellyttää, että eläimiä kohdellaan hyvin ja niiden hoito on asianmukaista. Eläinsuojelun puutteet aiheuttavat aina tukien menetystä. Lisätietoja asiasta löytyy vuoden 2011 hakuoppaasta sekä viljelijöille keväällä 2011 lähetetystä pelto- ja eläintukein valvonta -oppaassa.