Peltoalaperusteisia tukia valvotaan tilakäyntien, ristiintarkastusten ja asiakirjatarkastusten avulla. Tilojen mahdollisuus joutua valvontaan perustuu satunnaisotantaan ja riskianalyysiin. Valvonnat pyritään tekemään yhdellä valvontakäynnillä, mutta osa ehdoista on mahdollista valvoa vasta kasvukauden jälkeen. Peltovalvontaa tekevät elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukset (ELY-keskukset) Maaseutuvirastosta saamiensa valvontalistojen perusteella.

Valvonnan vähimmäismäärä on viisi prosenttia tukea hakeneista tiloista. EU:n jäsenmaan valvontavelvoite voi kuitenkin lisääntyä, jos valvonnoissa havaitaan paljon seuraamuksia.

Tilakäynnillä ELY-keskuksen valvojat tarkastavat viljelijän hakemien tukien tukiehtojen noudattamisen, kasvulohkojen pinta-alat, viljelykasvit, viljelytavan ja muun tukikelpoisuuden. Viljelijän tai hänen edustajansa toivotaan olevan mukana valvonnassa, jotta hän voi antaa tarvittaessa lisätietoja ja valvoa omia etujaan.

Tarkastaja tekee valvonnasta pöytäkirjan, jossa on muun muassa eritelty mahdolliset tukien noudattamisen laiminlyönnit. Laiminlyönneistä määrätään säädösten mukaiset seuraamukset, mutta ennen tuen vähentämistä kysytään kirjallisesti viljelijän mielipidettä asiasta. Seuraamus voi olla huomautus tai tuen epääminen osittain tai kokonaan. Suurimmalla osalla tarkastetuista tiloista asiat ovat kuitenkin kunnossa.

Ristiintarkastuksessa verrataan keskenään eri lähteistä olevia tietoja. Peltovalvonnan ristiintarkastustiedot voivat olla esimerkiksi viljelijän tukihakemuksellaan ilmoittamia tietoja ja digitaalisen kartta-aineiston tietoja. Ristiintarkastus tehdään hallinnollisesti kaikkien tilojen tietoihin. Jos tietojen välillä ilmenee eroja, tietoja joudutaan tarkistamaan viljelijältä.

Asiakirjatarkastelua käytetään esimerkiksi lannoitusvalvonnassa, jossa viljelijän käyttämät ravinnemäärät tarkistetaan viljelijän lohkomuistiinpanoista ja muista viljelijän antamista tiedoista.

Pinta-alojen mittauksesta ja valvonnan seuraamuksista kerrotaan tarkemmin viljelijöille keväällä 2011 lähetetyssä Pelto- ja eläintukien valvonta -oppaassa.