Tukialueilla A ja B maksetaan kotieläimistä Etelä-Suomen kansallista kotieläintukea. Tukea maksetaan eläinyksikkökohtaisena tukena (euroa/eläinyksikkö): emolehmistä, emolehmähiehoista, sonneista, häristä, uuhista, kutuista ja hevosista
Edellä olevien eläinten lisäksi maksetaan eläinyksikkökohtaista Etelä-Suomen kansallista kotieläintukea tukialueiden A ja B ulko- ja sisäsaaristossa lypsylehmistä ja hiehoista sekä Manner-Ahvenanmaalla hiehoista.
Tukialueilla A ja B maksetaan eläinkohtaista tukea (euroa/teurastettu eläin) teurastetuista hiehoista.
Sika- ja siipikarjatalouden kansallista tuotannosta irrotettua tukea ja rakennemuutoskorvausta maksetaan vuodesta 2009 alkaen koko maassa tilakohtaisen viitemäärän perusteella. Viitemäärä muodostetaan pääsääntöisesti tukivuodelta 2007 maksetun sikojen ja siipikarjan kansallisen kotieläinten eläinyksikkömäärän mukaan.
Hakuoppaan luvussa 10 ja kansallisten kotieläintukien ennakoiden hakuohjeessa on tietoa kansallisten kotieläintukien hakemisesta ja tukien maksamisen edellytyksistä, eri eläinryhmillä. Kansallisesta uuhituesta on erillinen hakuohje. Osa kansallisesta kotieläintuesta voidaan maksaa myös ennakkona.
Huom. viljelijöille lähetetyssä kansallisten kotieläintukien hakuohjeessa 2011 on taulukossa 3 sivulla 19 ollut virhe siitostamman määritelmän kohdalla. Oikea siitostamman määritelmä on, että siitostamma on astutettu/varsonut vuonna 2010.