Jos tukea on maksettu liikaa tai perusteettomasti, se peritään takaisin. Tukea on maksettu perusteettomasti esimerkiksi silloin, kun valvonnassa tai muuten ilmenee, ettei tuen ehtoja ole noudatettu. Tuen takaisinperinnästä päättää tuen myöntänyt viranomainen. Takaisinperintä kohdistetaan siihen tuen saajaan, jolle tuki on maksettu.

Ennen takaisinperintäpäätöksen tekemistä tukiviranomainen kuulee tuen saajaa hallintolain (434/2003) mukaisesti. Tuen saajalle lähetetään kuulemiskirje, jossa tuen saajalle varataan mahdollisuus antaa oma selvityksensä asiasta. Jos tuen saaja ei vastaa kuulemiseen annetussa määräajassa, se ei estä tukiviranomaista tekemästä takaisinperintäpäätöstä.

Tuen takaisinperinnästä tehdään aina kirjallinen päätös, josta ilmenee takaisinperittävän tuen määrä, perittävä korko, perintätapa ja takaisinperinnän perusteet.

Takaisinperintäpäätöksen liitteenä on muutoksenhakuohjeistus, jossa tuen saajalle annetaan tarkemmat ohjeet siitä, miten ja missä ajassa takaisinperintäpäätökseen on haettava muutosta. Muutoksenhakutapoina on oikaisuvaatimuksen tekeminen ELY-keskukseen ja/tai valitus hallinto-oikeuteen. Takaisinperintäpäätöksistä on mahdollista valittaa aina korkeimpaan hallinto-oikeuteen asti.

Takaisinperintäsaatavalle peritään korkoa ja mahdollisesti viivästyskorkoa. Perintäkorosta ja viivästyskorosta määrätään kutakin tukea koskevassa lainsäädännössä. Viljelijätuissa peritään kiinteää korkoa (6 %), erillistä viivästyskorkoa ei peritä. Maaseudun kehittämistuissa (hanke-, yritys- ja perusmaatalouden investointituissa) peritään viitekorkopohjaista korkoa ja viivästyskorkoa. Takaisinperinnän johtuessa viranomaisen toiminnasta kuten teknisestä virheestä, korkoa voidaan kohtuullistaa tai se voidaan jättää perimättä.

Takaisinperinnässä perintätapa voi olla kuittaaminen myöhemmin maksettavasta tuesta tai maksulipulla maksaminen.  Jos tuen saaja ei maksa takaisinperintäsaatavaa maksumuistutuksista huolimatta, saatava siirretään ulosottoviranomaisten perittäväksi.