Koulumaitotukea haetaan Nekka-asiointipalvelussa, jonka kautta toimittaja voi hoitaa koulumaitotuen asiakasrekisteröintiin ja hakemiseen liittyvät toiminnot sähköisesti sekä vastaanottaa lukuvuosi-ilmoituksia.

Koulumaitotuen asiakasrekisteri jakaantuu asiakkaisiin ja toimipisteisiin. Asiakkaat eli tuen hakijat ja toimipisteiden omistajat rekisteröidään järjestelmään y-tunnuksen perusteella, jolloin asiakkaan perustiedot saadaan suoraan yritystietojärjestelmästä. Toimipisteet eli koulut, päiväkodit ja jakelupisteet rekisteröidään järjestelmään 8-numeroisen rekisterinumeron perusteella.

Kaikilla järjestelmässä mukana olevilla toimipisteillä on oltava y-tunnuksellinen omistaja. Omistaja voi olla esimerkiksi kunta, kuntayhtymä, osakeyhtiö, säätiö tai yhdistys. Oleellista on, että omistajalla on y-tunnus ja että se omistaa koulun tai päiväkodin ja tekee viime kädessä sitä koskevat päätökset.

Omistaja on aina samalla myös asiakas, joka joko hakee tuen itse omistamilleen toimipisteille (kunta- tai itsehakija) tai valtuuttaa toimittajan hakemaan tuen puolestaan.