Kompensationsbidragets nationella tilläggsdel betalas för samma åkerareal som berättigar till kompensationsbidrag och som beviljas delfinansierat kompensationsbidrag. För betalningen av tilläggsdelen har år 2012 reserverats ett anslag om 120 miljoner euro. Basdelen betalas till växtodlingsgårdar, till husdjursgårdar betalas både basdelen och en förhöjning för husdjursgårdar.
En förbindelse som gäller kompensationsbidragets tilläggsdel kan endast ingås samtidigt och för samma period som en förbindelse som gäller kompensationsbidrag.
När en gård ingår förbindelse som gäller tilläggsdelen anmäler sig gården samtidigt för hela förbindelseperioden som antingen växtodlingsgård eller husdjursgård. Om en husdjursgård upphör med djurhållning under förbindelseperioden ändras gården till en växodlingsgård. En växtodlingsgård kan under förbindelsen ändras till en husdjursgård endast under vissa särskilda förhållanden.
En ny femårig förbindelse om tilläggsdel kan år 2012 ingås bland annat av jordbrukare som ingått förbindelse om kompensationsbidrag år 2007, och som nu upphörde.
I kapitel 6.3 i Ansökningsguiden 2012 finns detaljerade anvisningar om hur stödet söks och om förbindelsevillkoren för den nationella tilläggsdelen.