Landsbygdsverket består av fem avdelningar, en stab och två separata enheter.

Avdelningen för landsbygdsnäringar ger stöd och anvisningar till ELY-centralerna och kommunerna vid beviljande av jordbruks- och finansieringsstöd.

Marknadsstödsavdelningen betalar ut exportstöden och stöden för den inre marknaden och administrerar interventionslagring.

Kontrollavdelningen handhar tillsynen över stöden.

Avdelningen för finansförvaltning betalar ut jordbrukarstöden samt landsbygdens finansierings- och utvecklingsstöd.

Avdelningen för ITC-administrationen ansvarar för verkets datasystem.

Förvaltningsservicen svarar för förvaltningens förfaranden, interna och externa tjänster.

Interna revisionen svarar för den interna revisionen i Landsbygdsverket och utbetalningsstället samt inom den övriga verksamheten som dessa ansvarar för.

Staben bistår överdirektören i planeringen av verkets verksamhet och ekonomi också beredningen av ärenden kring datasäkerhet samt sköter verkets information.