Landsbygdsverkets samarbetsnätverk är lika omfattande som verkets kundkrets. Landsbygdsverket sorterar under jord- och skogsbruksministeriet. ELY-centralerna och kommunernas landsbygdsnäringsmyndigheter är viktiga samarbetsparter som sköter den praktiska kundrådgivningen.

Verket har också nära samarbete med bl.a. Ålands landsskapsstyrelse, de aktionsgrupper som ansvarar för genomförandet av landsbygdsprogrammet, Evira, Tullen, LPA, ministerierna och andra utbetalande verk samt EU-kommissionen. Även producentorganisationerna, penninginstituten och företag som bjuder ut tjänster knutna till interventionslagring hör till samarbetsparterna.

Verkets kunder är såväl livsmedelsindustrin som företag som bedriver handel med livsmedel. Verkets kunder är också skolor, kommuner, församlingar och organisationer som är engagerade i frågor kring skolmjölksstöd, EU:s samfinansierade informationsprogram och program för säljstödjande åtgärder samt matbiståndsprogram.