Kommunernas landsbygdsnäringsmyndigheter handlägger ansökningar om jordbrukarstöd och fattar beslut om dem samt ger de sökande råd vid ansökan om stöd. Kommunernas landsbygdsförvaltning reformeras senast år 2013. Den viktigaste orsaken till reformen är att förvaltningen i sin nuvarande form inte uppfyller kraven för EU:s utbetalningsställe.
Vid ELY-centralerna har inrättats ett nätverk av stödpersoner med uppgift att besvara till exempel de frågor som uppkommit i samband med inrättandet av samarbetsområden. ELY-centralernas kontaktpersoner framgår av tabellen här invid.